Se comenzó a jugar al fútbol en los años 30 siendo el equipo más conocido el Bala Roja que llegó a jugar un amistoso con el Español de Barcelona, posteriormente hubo varios equipos en los años 40 y 50 estrenándose el primer campo de fútbol: el de “Las Cinogeras”
En la temporada 66-67 Gonzalo Tolosana funda el C.D. Santa Isabel que militará en la Tercera Regional, con equipaje blanco, siendo Campeón de liga y ascendiendo a Segunda Regional y al año siguiente en clara progresión, a Primera Regional. En el año 68 se estrenaba el campo de Miguel Sarroca, sede del Club durante 30 años; también en el 68 se fundó la R.S.D. Santa Isabel juntándose ambos Clubs en la temporada 69-70 para formar así el actual Club, con la fusión se adoptó el actual equipaje de camiseta blanca y pantalón y medias azules.
En el año 71 se consigue un hecho histórico al proclamarse Campeón de Aragón de Aficionados ganando al Numancia de Soria por penaltis en la Romareda; durante la década de los 70 y tras varios ascensos a Primera Regional el Club se estabiliza en la Segunda Regional convirtiéndose en uno de los gallitos de la categoría hasta comienzo de los 80 cuando desciende hasta la Tercera Regional.
Comienzan a surgir en los 70 los primeros equipos de la cantera destacando, en este sentido, la labor de Manolo Pérez con los Juveniles.
Los Presidentes del Club en estos años fueron: Antonio Pelayo, Antonio Martínez, Antonio Diaz, Pepito Yago, Pedro Gimeno y Carmelo Pellicena.
En los 80 Gonzalo Tolosana se hace cargo del Club dotando de césped el campo, además de, con 6 torres de iluminación, será impulsor del Fútbol Base e iniciará los Torneos Internacionales que se disputarán durante 6 ediciones, saliendo a jugar al extranjero en 13 ocasiones contra equipos de primer nivel. Posteriormente este Torneo pasará a ser de categoría nacional y el Torneo de Regional se convertirá en el más antiguo de Aragón. En lo deportivo y con el aporte del Fútbol Base se consolidará el Club en la Primera Regional, logrando por primera vez, en la temporada 89-90 el ascenso a Regional Preferente con Carlos Villagrasa como Entrenador, y en la 90-91 a Tercera División con una plantilla con el 80% de la propia cantera. Cabe destacar el esfuerzo de las Directivas durante estos años con especial recuerdo para Pedro Rodenas y Odonel Gracia; fueron Presidentes durante esta década Gonzalo Tolosana, José Suárez, Eloy Gracia, José L. Alonso y Manolo Pérez.
Con el descenso en el 92 de la Tercera División, arrastrados por el descenso de tres equipos aragoneses de la Segunda B, comenzará una década con ascensos y descensos a la Regional Preferente, se desciende en la 95-96 para ascender en la 97-98 y nuevo descenso hasta la 2000-01 y otro nuevo ascenso. En el año 97 se inauguró el nuevo campo de fútbol, el César Lainez, actual sede del Club siendo el primero en Zaragoza en colocar césped artificial en 2005, fueron Presidentes Domingo Soriano, Miguel A. Castillo, Antonio Benito y Marino Begué.
En la temporada 2002-03 se consigue de nuevo el Campeonato de Regional Preferente y por consiguiente, el ascenso a Tercera División con Augusto Gascón de Entrenador y aunque se descendió en la siguiente campaña el Club se consolida en la Regional Preferente no descendiendo de esta categoría en toda la década. En el 2009 se logra un nuevo ascenso a Tercera División siendo Entrenador Sergio Pina, pero de nuevo se desciende a la siguiente temporada. Cabe destacar en esta década de los 2000 la utilización del césped artificial, fruto de las negociaciones del Presidente Ricardo Suñén y de la Alcaldesa del barrio D.ª Pilar Herrero; también ocuparon la Presidencia del Club, Angel Fusté, José Ibarzo y Lorenzo Ferrer.
Tras la pérdida de categoría se inicia una nueva etapa, en 2011 Lorenzo Ferrer es reelegido Presidente y se convierte de este modo en el más longevo en el cargo; Agustín Cirac sustituirá a Miguel Pérez en el cargo de Director Deportivo e Yvo Serrano será el entrenador del primer equipo; aumentarán los equipos del Club de 11 a 22 y en la temporada 2013-14 se consigue el título de Liga y un nuevo ascenso a Tercera División y se conquista el Campeonato de Aragón de Regional Preferente al vencer en eliminatoria al Binéfar, campeón del otro grupo; con este ascenso nace la esperanza de una consolidación definitiva en la categoría de Tercera División, categoría que por trabajo, esfuerzos e HISTORIA merece nuestra R.S.D. Santa Isabel.
